Ngày 25 tháng 5 năm 2018, Liên đoàn Bóng đá Việt Nam tiến hành công bố lịch thi đấu vòng loại của Giải bóng đá vô địch U17 quốc gia 2018. Theo đó, vòng loại diễn ra từ ngày 26 tháng 5 năm 2018 đến ngày 17 tháng 6 năm 2018 trên 4 địa điểm đăng cai tổ chức. Mùa giải 2018, có 24 đội U17 tham dự vòng loại.[4][5] Các Đội thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng. Chọn 4 Đội xếp thứ Nhất và 3 Đội xếp thứ Nhì có điểm và các chỉ số cao hơn ở bốn bảng vào vòng chung kết.